行政院農業委員會漁業署表示，日本在尚未與我協商完成前，遽予驅趕我漁船並不合理，我除已透過外交管道予以抗議並請其自制外，並促日應續與我協商。

　　漁業署表示，為協商解決我國與日本周邊海域漁業及資源共同利用問題，我與日本自八十五年起已舉行三次漁業會談及八次台日事務階層漁業會談，最近一次事務階層漁業會談係於九十年八月二十八及二十九日舉行，雙方已就漁業協定架構及雙方周邊相關水域之漁業作業管理事宜充分交換意見，惟對於協定之內容、我漁船在東海海域之作業權益，及在其他相關水域之作業條件等，雙方之認知及要求條件，差距仍大，故尚未獲致具體協議。在歷次會談中，我方均主張我漁船有在日本與中國大陸漁業協定之「中間水域」及「暫定措施水域」等傳統漁場作業權益，及在雙方未對重疊或爭議水域達成具體協議前，雙方漁船在該等水域作業，應維持現狀。

　　同時漁業署已請相關漁會加強宣導漁民，切勿擅入日本12浬領海及東黃海內沿岸52浬水域內作業，以免被扣受罰外，對台日周邊有爭議性之水域，亦請漁民應提高警覺，如發生日方不當驅趕或扣捕行為，並即通報外交部、國防部、海岸巡防署及農業委員會漁業署等有關單位協助因應處理。

　　為解決本案有關漁業問題，行政院農業委員會已請外交部積極洽日方擇期再作協商，及洽請內政部就我國與日本專屬經濟海域劃界事宜積極研究辦理，並洽請海岸巡防署加強我國專屬經濟海域之漁業巡護。

　　漁業署進一步表示，針對近日日本巡邏船對進入日本專屬經濟水域內之台灣漁船分發印有專屬經濟水域（EEZ）圖及禁止捕撈之宣傳單，頻頻對我在「暫定水域」內靠近日本一側水域作業漁船實施警告驅趕事件，該署均已依漁會或電台通報資料及媒體報導函請外交部向日方提出嚴正抗議。